Christian Eggeling erhielt seinen Doktortitel in Physik an der Georg-August Universität Göttingen, wo er Einzelmolekül-Detektions-Methoden in der Gruppe von Claus Seidel optimierte. Von 2000 bis 2003 arbeitete er als wissenschaftlicher in der Biotechnologie-Firma Evotec in Hamburg, wo er optimierte Fluoreszenz-Mikroskopie-basierte Techniken für das Hochdurchsatz-Screening von Arzneimitteln optimierte.
Im Jahr 2003 wechselte er in das Team von Professor Stefan Hell (Mobel-Preisträger Chemie 2014) am Max-Planck-Institut für Bophysikalische Chemie in Göttingen, wo er sich als Senior-Wissenschaftler auf das Feld der superauflösenden Mikroskopie fokussierte, vor allem auf die zell-biologische Anwendbarkeit der superauflösenden STED-Mikroskopie und der Entwicklung der STED-FCS (der Kombination von Fluoreszenz-Korrelations-Spektroskopie (FCS) und der superauflösende STED Mikroskopie) zur Untersuchung von molekularen Diffusions- und Interaktions-Dynamiken mit sehr hoher Sensitivität.
Seit 2012 ist Christian Eggeling Gruppenleiter in der MRC Human Immunology Unit und wissenschaftlicher Direktor des neuen Wolfson Imaging Centre Oxford am Weatherall Institute of Molecular Medicine, University of Oxford, United Kingdom, und 2014 wurde er Professor of Molecular Immunology.
Im Dezember 2017 wurde er Professor für Superauflösende Mikroskopie am Institut für Angewandte Optik (IAO) an der Friedrich Schiller-Universität und dem Leibniz-Institut für Photonische Technologien (Leibniz-IPHT) in Jena, wo er jetzt auch Direktor des IAO and Leiter der Abteilung Biophysikalische Bildgebung am Leibniz-IPHT ist. Er hält immer noch seine Position und Gruppe an der University of Oxford (www.nano-immunology.org) und will Kollaborationen zum Universitäts-Klinikum Jena (UKJ) über das neu geplante Cetramed Mikroskopie-Zentrum verstärken. 

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